維新政府建立后的某一天，在一個小村莊里，劍心遇見了一位美麗的少女神谷熏。交談中得知有個叫比留間五兵衛的人冒充拔刀齋在村里作惡，阿熏手拿竹刀與之拼命，但不是對手。五兵衛手起刀落，眼看阿熏性命難保，千鈞一發之際，一個人影風馳電掣般閃過，五兵衛劈了個空，而阿熏已在一位英俊的紅發"少年"懷中。
阿熏見救自己的竟然是一位拿逆刃刀的劍士，而且還說自己就是殺人無數的斬人拔刀齋，她很想知道劍心為什么不再殺人，她也很想了解劍心的過去，她希望劍心結束流浪生活，在道場安家，用劍去實現保護受苦受難的人的愿望。
阿熏把自己的身世告訴了劍心，她父親是神谷活心流創始人，一直遵循以劍活人，以劍救世的宗旨，劍術高超卻從不使用真劍專門鋤強扶弱。雖然父親神谷越路郎戰死西南戰爭，門下一個弟子也沒有， 但她沒有氣餒，決心獨力支撐大局，并將父親活人的劍道精神發揚光大，以保護弱者。劍心深深地被阿熏這種不屈不撓的精神所感動，尤其覺得她的志向與自己很相近，于是他決定留下。此后，劍心最真實的感情世界只向一個人敞開，她就是神谷熏。劍心在道場里過著和平寧靜的生活。不久，他遇到并解救了命中注定的幾位好朋友，一個是明神彌彥，他父親是彰義隊的隊士, 戰死上野戰爭，母親死后留下大量債務，追債者要彌彥還錢，彌彥無力償還，只能去當小偷，后被劍心解救，追債的無賴也被打得落花水彌彥決心成為像他父親一樣出色的人，于是投身神谷道場門下學習劍術，不過和師傅阿熏是對小冤家。另一個人是相樂佐之助，前赤報隊準隊士，后來明治政府以偽冒官軍的罪名宣布赤報隊非法，并予以取締，赤報隊苦戰不力，只剩下佐之助和另外一個小孩——阿黑幸免，相樂隊長帶著佐之助逃到懸崖邊，自己沖回去與政府的步槍隊肉搏，當場犧牲，佐之助趁亂逃脫。
經歷這一劫難，佐之助對維新政府恨之入骨，但苦于能力有限，只能找別人打架來發泄怨氣，成為遠近聞名的小流氓，后被劍心打敗并曉以大義，終于明白了相樂隊長是為了國家解放，人民幸福而浴血奮戰，他的在天之靈是不希望看到自己這樣墮落的，于是，他和劍心一道立志要與破壞安定生活的壞人作斗爭，走上了正道還有一位叫高荷惠的女子，她的出現曾經令阿熏醋意大生，她因為不滿主子強迫她制造鴉片而逃走，終于在劍心那里得到保護……，最后成了遠近聞名的名醫。有朋友，當然也有敵人。四乃森倉紫，前幕府間諜組織的首領，當時倉紫年少得志，但最終，逆歷史潮流而行的間諜組織土崩瓦解，倉紫因此對維新運動尤其是代表人物劍心恨之入骨。而且，成為最強的人是倉紫畢生的夢想，而當時要得到這一名譽，就是要打敗拔刀齋。還有前新撰組的冷血殺手刃衛，盡管不再需要劊子手的時代已經到來，但他兇殘的本性沒有絲毫改變，他劫持了神谷熏并向劍心挑戰，唯一的目的只是為了滿足戰斗和殺人的欲望，這樣的人當然沒有好下場。但是，最可怕的敵人還是和劍心同時代的劊子手，志志雄真實和同是飛天御劍流的“師兄”天草翔伍……
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